Con la práctica te memorizas los comandos (que realmente son miniprogramas), pero lo más importante es que aprendas el lenguaje de scripting de la consola, que es dash, bash o zsh dependiendo qué shell uses.
Si tienes dudas sobre cómo usar un comando tienes man pages o la flag –help
Y TODOS los programas CLI son lo mismo, con la misma sintaxis de flags y valores en formato string:
>programa –flag "argumento1" -f "argumento2"
Obviamente si tomas un cursillo de introducción al shell aprenderás los comandos más básicos como cd, mkdir, rm, time, cal, sudo, mv, cp, sed, awk, grep, etc. Pero luego tienes gcc, g++, python, 1000 gestores de paquetes con diferentes propósitos, vim, emacs, code, nano, git y el disk destroyer.